La Comunidad Jesuita sostiene al Colegio San Mateo como una obra apostólica de la Compañía de Jesús en Chile y garantiza que la gestión institucional se alinee con el Ideario Educativo Común de la Compañía de Jesús en Chile y su Plan Estratégico. La responsabilidad de cuidar esta misión recae en el Directorio de la Fundación San Mateo, compuesto por siete personas (jesuitas y laicos/as), que aprueba documentos clave como el Plan de Desarrollo y el Proyecto Educativo Institucional (PEI).

La presencia activa de la Compañía se materializa en la figura del Capellán del colegio, quien es miembro del Directorio y, en el quehacer diario, apoya a la Dirección y se suma a la labor del Equipo Directivo. Este compromiso mantiene vivo el carisma y la espiritualidad ignaciana, continuando el legado establecido por los primeros jesuitas norteamericanos (first fathers) que fundaron el colegio en 1959.